Balogh János 1913. február 19-én született a kárpátaljai Nagybocskón. Szülei elvesztése után anyai nagyszülei nevelték, majd, mint hadiárva a Protestáns Országos Árvaházba került. 1931-ben érettségizett a Fasori Evangélikus Gimnáziumban. A Pázmány Péter Tudományegyetem elvégzése után, 1935-ben, egyetemi doktorátust szerzett. 1937-tól a dr. Dudich Endre professzor által vezetett Állatrendszertani és Állatföldrajzi Tanszéken dolgozott, ahol 1943-ben habilitált. Ezt követően a Magyar Tudományos Akadémia kutatójaként Tihanyban, és a Természettudományi Múzeumban tevékenykedett, majd 1951-ben tudományos kutatóként visszatért a tanszékre. 1952-ben elnyerte a biológiai tudomány kandidátusa, majd két évre rá a biológiai tudomány doktora címet. A Talajzoológiai Kutatócsoport egyik alapítója és vezetője. 1965-ben az MTA levelező tagja, 1966-tól egyetemi tanár, az Állatrendszertani és Ökológiai Tanszék vezetője. 1973-tól az MTA rendes tagja. 1970 és 1973 között az MTA Biológiai Osztályának alelnöke, majd 1980-ig elnöke. 1985-ben az ELTE díszdoktorává avatta. 1986-ban pedig az Osztrák Tudományos Akadémia választotta tiszteletbeli tagjává.
Balogh János életének 90. évében, 2002. augusztus 15-én hunyt el.